Sam Fisher waagt zich aan een avontuur op de Nintendo DS. Hij probeert zich nog zoveel mogelijk vast te klampen aan zijn ervaringen op de consoles, maar desondanks voelt hij zich absoluut niet thuis op de DS.

Spionage
Splinter Cell is een spionagespelletje, oftewel een Tactical Espionage Stealth Action Game in het verlengde van Metal Gear Solid. Sam Fisher is de hoofdrolspeler. Hij is onderdeel van de geheime organisatie Third Echelon, een splintergroepering van de Amerikaanse regering die opdrachten uitvoert die niet direct in het officiële beleid van de Verenigde Staten in te passen zijn. Als Sam Fisher gepakt zou worden, zou de regering ook steevast het bestaan van Third Echelon en de connectie met Fisher ontkennen.



Maar Sam Fisher zorgt er dan ook voor dat hij niet gepakt wordt. Hij stormt geen vijandig gebied binnen en begint niet wild om zich heen te schieten. Nee, hij kijkt eerst door het sleutelgat, sluipt dan de ruimte binnen en vermijdt het om gezien te worden door eventuele wachtposten. Net als in de consoleversies van Splinter Cell heeft Fisher op de DS de beschikking over een aantal spionagevaardigheden en -gadgets. Hij heeft de optische kabel, waarmee hij door sleutelgaten kan gluren, en een soort speciale breinaald waarmee hij sloten kan openen die voor andere onbevoegden gesloten blijven. Ook weet hij hoe hij stil moet blijven zitten wachten in donkere hoekjes en kan hij wachtposten besluipen vanuit die donkere hoekjes. Als hij een vijandelijke persoon op die manier in de kladden heeft gekregen, kan hij ze ondervragen als ze waardevolle informatie bezitten, of hij kan hun nek breken zodat ze zich in de toekomst wel koest houden. En als het echt niet anders kan, heeft Sam een pistool en hij is niet bevreesd die te gebruiken.

Revolutie in de achtertuin van Amerika
In Chaos Theory krijgt Third Echelon te maken met een typische Zuid-Amerikaanse revolutionaire rebellengroepering genaamd People's Voice. Dit is een beweging die de Revolutie wil bewerkstelligen in Peru. Dat zou betekenen dat er naast Cuba nog een (jegens de VS) vijandige communistische staat zou ontstaan in Latijns Amerika, het gebied dat de Verenigde Staten als hun achtertuin beschouwt. Sinds de Monroe Doctrine wordt dit Amerikaanse gezag over Latijns Amerika ook wereldwijd erkend. Dat kan Amerika natuurlijk niet op zich laten zitten en ze laten Third Echelon in actie komen die op hun beurt Sam Fisher naar Peru sturen.

De leider van People's Voice is ene Hugo Lacerda (Hugo Chavez?). Hij gelooft dat informatieoorlogsvoering de enige realistische manier is om de Revolutie te bewerkstelligen in onze moderne samenleving. Daarom heeft hij ook de Amerikaanse computertechnicus Bruce Morgenholt gekidnapt. Om te laten zien wat een minne honden revolutionairen eigenlijk zijn, hebben de makers van het spel Bruce Morgenholt laten vermoorden door de kwaadaardige Hugo Lacerda. Het moet wel duidelijk blijken wie de good guys en wie de bad guys zijn! Het uiterlijk van de wachtposten is ook een aanwijzing: Hugo Lacerda wordt bewaakt door allemaal kwade Fidel Castrootjes!